За короткий час Виговський створив потужну та високоефективну Генеральну канцелярію. Ця установа була по суті Міністерством закордонних справ і одночасно — внутрішніх. Вона стала тим самим генератором, який згідно з волею гетьмана й ради Війська Запорозького приводив у рух численні привідні паси державної машини. Сюди надходила військово-політична інформація з усіх кінців України і зарубіжних держав, тут приймалися та звідси відправлялися численні посольства, ухвалювалися важливі рішення, котрі поруч з військовими перемогами визначали долю України. Щоб створити таку потужну державну машину й керувати нею, потрібен був величезний талант адміністратора та політика. І хоча створювали її спочатку Хмельницький та Креховецький, але саме Виговський розбудував її й поставив на рівень європейських канцелярій. Уряд генерального писаря зусиллями Виговського був піднесений до другого після гетьмана, і не випадково західні джерела називають з цього моменту генеральних писарів канцлерами.
Існують підстави вважати, що саме Виговський відіграв одну з провідних ролей у формуванні розвідки й контррозвідки України. Ще на початку 1649 р. полковник Максим Нестеренко послав до Польщі з Переяслава 2000 розвідників. Проте пізніше керування цими справами переходить до Виговського. Отже, завдяки саме Виговському було створено широку агентурну мережу, яка сповіщала гетьмана про все важливе, що діялося не тільки в Україні, але й у Польщі, Литві, Чехії, Моравії, Сілезії, Австрії, Османській імперії, Кримському ханстві, придунайських державах. Ця мережа української розвідки була настільки розвинутою, що навіть і через 25 років лунали скарги польських вельмож на те, що козаки (вже у часи Петра Дорошенка) знають про всі задуми короля.
Під час козацько-московської війни 1658—1659 років вщент розбив московитів під Конотопом, знищивши 40 тисяч російських вояків та взявши в полон 15 тисяч. А під кінець життя, коли довелося відійти від великої політики, жив на Волині та в Галичині. Вступив до Львівського братства.
Виговський був одним із таємних співорганізаторів антипольського повстання, що спалахнуло 1664 року на Правобережній Україні під проводом Дмитра Сулими. Без всякого суду і слідства, навіть без королівського відома, колишнього гетьмана було засуджено до розстрілу. Виговський гідно зустрів смерть. Коли 16 березня 1664 р. за ним прийшли, щоб повести на розстріл, він читав акафіст Пресвятій Богородиці. Вирок були виконано... Олена Стеткевич, дізнавшись про страту чоловіка, померла від розриву серця. Колишнього гетьмана та його дружину поховали, як свідчить Чернігівський літопис, у Великому Скиті, але є певні сумніви в достовірності цих свідчень пам'ятки.
Юрко Славутич